UWAGA NA SPOILERY!!!

Gra wprowadza wiele nowych wątków, jednak większość z nich nie ma wpływu na przebieg fabuły jako całości. To, że dostajemy cały rozdział poświęcony Jessie i poznajemy jej rodzinę, nie zmienia faktu, że ginie ona podczas katastrofy w sektorze 7. Kluczowe dla zakończenia wydarzenia rozpoczynają się w rozdziale 2, gdy poznajemy tajemnicze byty zwane Szeptaczami. Przypominające Dementory istoty pojawiają się w różnych momentach rozgrywki i czasami z naszymi bohaterami walczą, czasami blokują im dostęp do pewnych lokacji, a czasami nawet pomagają. W końcówce gry dowiadujemy się, że te upiory są 'arbitrami przeznaczenia’ a ich rolą jest upewnienie się, że wydarzenia potoczą się, tak jak powinny (czyli jak w oryginalnej grze).

Pierwszy duży atak szeptaczy następuje po tym jak Cloud zostaje wykluczony przez Baretta z uczestnictwa w drugiej misji Avalanche. Szeptacze atakują naszych bohaterów w wyniku czego Jessie skręca nogę, co oznacza, że drużynie brakuje jednego członka potrzebnego do wykonania misji. Szeptacze naprawiły historię, gdyż bez uczestnictwa w wysadzeniu reaktora, Cloud nie poznałby Aeris. Takich sytuacji jest więcej, włącznie z ożywieniem przez Szeptaczy Barreta.

Pojawienie się Szeptaczy spowodowane jest działaniami Sepirotha. Stał się on w jakiś sposób świadomy swojego przyszłego losu (czyli fabuły oryginalnej gry) i wie, że w wyniku dalszych wydarzeń poniesie nieuchronną klęskę. Tutaj gra nie wykłada nam wszystkich kart, na stół a jedynie sugeruje, co się mogło wydarzyć. Prawdopodobnie Sepiroth dowiedział się o obecności innych wymiarów, w których historia potoczy się inaczej i jego działania spowodowały pojawienie się Szeptaczy, którzy próbują nakierować wydarzenia na właściwy tor. Sepiroth otwiera portal do innej linii czasowej a nasi bohaterowie, podążają za nim. Po przejściu przez portal muszą zmierzyć się z najważniejszym Szeptaczem, po którego pokonaniu zrzucają jarzmo narzuconego im przeznaczenia. W praktyce oznacza to, że od tej pory wydarzenia mogą się potoczyć w zupełnie inny sposób, niż w oryginalnej grze. Zresztą w końcówce gry widzimy tego pierwsze efekty. Okazuje się, że przeżyli zarówno Biggs, Wegde, jak i Zack. Oznacza to, że śmierć Aeris nie jest już jej przeznaczona i może zginąć ktoś inny.

Zack Fair

Krótko przed starciem z Sephirothem, widzimy sceny z Zackaiem Fairem — żołnierzem pierwszej klasy. Jest on chłopakiem Aeris i kolegą Clouda. W FF 7 jego losy są wspomniane w formie flashbacka. Pełną historię Zacka możemy poznać w grze Final Fantasy Crisis Core na PSP. Scena, którą oglądamy, powinna być sceną jego śmierci. Razem z Cloudem wpada on w pułapkę i aby ocalić rannego Clouda, rozpoczyna walkę z przeważającymi siłami wroga. Walka kończy się jego śmiercią. Tymczasem w FF7R zaraz po pokonaniu ostatecznego bossa widzimy, że Zack ocalał. Gra nie tłumaczy nam dokładnie czy oglądane z nim wydarzenia to jakaś alternatywna linia czasowa, czy działania ekipy zmieniły bieg historii. Gdyby tak było, zmieniałoby to diametralnie przebieg całej historii. Jednak na konkrety musimy poczekać do ukazania się kolejnej odsłony.