„Everybody’s Gone to the Rapture” rozgrywa się w angielskiej wiosce Yaughton w latach 80. XX wieku. Gracz wciela się w bezimienną postać, która przybywa do opustoszałej miejscowości i próbuje zrozumieć, co stało się z jej mieszkańcami. Po drodze znajduje wskazówki w postaci notatek, nagrań oraz tajemniczych świateł ukazujących echa dawnych wydarzeń. Te „wizje” pozwalają poznać losy poszczególnych bohaterów, ich relacje oraz rosnące napięcie związane z niezwykłym odkryciem naukowym.
Fabułę można podzielić na dwa powiązane ze sobą wątki. Pierwszym jest odkrycie dokonane przez parę naukowców, które z czasem doprowadziło do wyludnienia całego obszaru. Drugim są losy kilku mieszkańców wioski, którzy musieli zmierzyć się z niezrozumiałym dla nich zjawiskiem.
Everybody’s Gone To The Rapture – apokalipsa
Astrofizyczka Kate Collins, pracująca wraz z mężem Stephenem w pobliskim obserwatorium, odkryła niezwykłe zjawisko astronomiczne. Usiłując je zbadać, Kate wzmocniła sygnał urządzeń pomiarowych, co doprowadziło do uwolnienia tajemniczej energii nazwanej przez naukowców „Wzorem” (pattern). Oboje naukowcy, podczas przeprowadzania eksperymentu, doznali poparzeń przypominających badany przez nich gwiezdny wzór.
W wyniku uwolnienia Wzoru w wiosce zaczęły masowo wymierać ptaki. Krótko po tym epidemia przeniosła się na ludzi. Ofiary dostają bóle głowy, krwawienia z nosa, rozległe wylewy, po czym umierają lub bezpowrotnie znikają. Stephen podejrzewa, że choroba roznosi się niczym wirus, więc o sytuacji powiadamia Agencję Zarządzania Kryzysowego, która narzuca na całą okolicę kwarantannę. Okazuje się jednak, że ograniczenie kontaktów międzyludzkich nie pomaga. Zjawisko zaczyna rozprzestrzeniać się poprzez sieć telefoniczną. Stephen zauważa także, że Wzór usiłował uciec z doliny, przejmując kontrolę nad centralą telefoniczną i wybierając losowe numery. Sieć zostaje odcięta, jednak Stephen nie ma wątpliwości, że nieustannie ewoluujące zjawisko znajdzie inną metodę. Jego przeczucia się potwierdzają, gdyż Wzór zaczyna opanowywać inne urządzenia elektroniczne. W przypływie desperacji Stephen prosi agencję o ostateczne rozwiązanie – zbombardowanie okolicy gazem, aby zabić wszystkich mieszkańców. Jego prośba zostaje spełniona. Naukowiec przeżywa, ukrywając się w bunkrze, jednak okazuje się, że mimo śmierci całej populacji miasteczka Wzór wydostał się i opanował resztę świata.
Ze wspomnień dowiadujemy się losów kilku kluczowych postaci. Gra podzielona jest na sześć rozdziałów, a w każdym z nich można odnaleźć wspomnienia dotyczące głównie konkretnej osoby.
Jeremy Wheeler
Miejscowy pastor, usiłujący znaleźć w tajemniczych wydarzeniach sens duchowy; próbuje pomóc wiernym odnaleźć się w chaosie. Zostaje wchłonięty przez światło tuż przed swoim kościołem.
Wendy Appleton
Matka Stephena, osoba silnie religijna i opiekuńcza wobec bliskich. Nie pochwala małżeństwa Stephena z Kate. Aranżuje spotkanie Stephena z jego dawną miłością – Lizzy. Wendy ginie w wyniku nalotu.
Lizzie Graves
Dawna partnerka Stephena, kobieta pełna wątpliwości i wyrzutów sumienia, która skrywa własne sekrety związane z przeszłością. Po powrocie Stephena do wioski ich uczucie rozkwita na nowo. Para zaczyna spotykać się potajemnie. Lizzy zachodzi w ciążę. Stephen usiłuje ją ratować, aranżując ich ucieczkę z kwarantanny, jednak gdy orientuje się, że jego wysiłki są płonne, porzuca ją na stacji kolejowej. Lizzy i jej nienarodzone dziecko giną w wyniku nalotu.

Frank Appleton
Wuj Stephena, spokojny i praktyczny farmer, który głównie troszczy się o dobro sąsiadów i gospodarstwo, nie do końca rozumiejąc powagi naukowych odkryć. Jest jedyną osobą w miasteczku, która utrzymuje dobre stosunki z Kate.
Stephen Appleton
Po ucieczce do bunkra, pochłonięty rozpaczą, polewa się benzyną. W ostatniej chwili pojawia się przed nim Wzór, który usiłuje mu coś przekazać. Niestety, Stephen upuszcza zapalniczkę i ginie w płomieniach.
Kate Collins
Naukowiec, która zainicjowała badania nad Wzorem. Zafascynowana nim, zaczyna dostrzegać, że zjawisko chce się „komunikować” z ludźmi. Oprócz Stephena jest jedyną osobą, która przeżyła nalot. Kate uważa, że przed śmiertelnym gazem ocalił ją Wzór. Po nalocie obeszła wioskę i znalazła kule światła zawierające wspomnienia mieszkańców. Jak przystało na naukowca, Kate starała się wszystko dokumentować, nagrywając swoje obserwacje i przemyślenia. Po powrocie do obserwatorium nagrała swoje ostatnie nagranie. Wyjaśnia w nim, że zrozumiała naturę Wzoru i dzięki komunikacji z nim jest połączona ze wszystkim. Twierdzi, że postacie z gry są teraz szczęśliwe, gdyż przebywają ze swoimi bliskimi.
W grze przedstawione są także losy wielu postaci pobocznych, takich jak żona Franka, która zmarła w wyniku eutanazji dokonanej przez pastora. Ponieważ nie mają one zbyt dużego związku z mitologią, pomijamy je tutaj.
Co się stało z mieszkańcami Yaughton?
Wszyscy ostatecznie „znikają” – choć nie jest to śmierć w konwencjonalnym sensie, lecz raczej wchłonięcie lub przemiana wywołana przez tajemniczą siłę, która przekracza ludzkie pojmowanie. Wzór pochłonął także ludzi, którzy zginęli w wyniku nalotu, ponieważ nie ma śladu ich ciał.
Kim jest główna postać?
Gra nigdy nie ujawnia tożsamości bezimiennej postaci, którą przemierzamy wyludnione miasteczko. Może to być Kate, która połączyła się ze światłem i po raz ostatni odwiedza znane sobie okolice, albo uosobienie Wzoru.
Czym jest Wzór?
Gra nie wyjaśnia wprost natury tajemniczej energii pochłaniającej życie na Ziemi. Tytuł sugeruje biblijne wniebowstąpienie (ang. Rapture – „pochwycenie”), chrześcijańską doktrynę, według której ludzie wzniosą się do nieba. Teoria ta głosi jednak, że trafią tam tylko osoby religijne i sprawiedliwe, a w grze znikają wszyscy. Wzór może być zatem także obcą formą życia. W ostatnich słowach Kate opisuje go w pozytywny sposób – wszyscy mieszkańcy są razem i są szczęśliwi, co przywodzi na myśl biblijny raj. Scena końcowa podkreśla, że niezależnie od interpretacji (boska interwencja czy obcy byt) samo „zniknięcie” stanowi swego rodzaju przejście poza ograniczenia ludzkiego życia.