Dwa lata po wydarzeniach na Moses Island, Snake i Otacon pracują dla pozarządowej organizacji „Filantropia”. Ich najnowszym zadaniem jest infiltracja znajdującej się na olbrzymim tankowcu bazy amerykańskich marines. Tankowiec przepływa właśnie przez zatokę Hudson w Nowym Jorku. Filantropia podejrzewa, że…
Terroryści z organizacji „Synowie Big Bossa”, opanowują znajdującą się u wybrzeży Alaski wyspę Shadow Moses, będącą bazą tajną wojskową wyposażoną w broń nuklearną. Synowie Big Bossa składają się z genetycznie udoskonalonych żołnierzy i byłych członków sił specjalnych FOXHOUND. Ich żądania…
Tajemnicza organizacja terrorystyczna założyła własne państwo na bliskim wchodzie i weszła w posiadanie planów Metal Gear – kroczącego czołgu, zdolnego do strzelania pociskami nuklearnymi z dowolnego punktu na ziemi. Solid Snake (w tej grze występujący jako lt. Snake) doświadczony członek…