Dwa lata po wydarzeniach na Moses Island, Snake i Otacon pracują dla pozarządowej organizacji „Filantropia”. Ich najnowszym zadaniem jest infiltracja znajdującej się na olbrzymim tankowcu bazy amerykańskich marines. Tankowiec przepływa właśnie przez zatokę Hudson w Nowym Jorku. Filantropia podejrzewa, że…
Terroryści z organizacji „Synowie Big Bossa”, opanowują znajdującą się u wybrzeży Alaski wyspę Shadow Moses, będącą bazą tajną wojskową wyposażoną w broń nuklearną. Synowie Big Bossa składają się z genetycznie udoskonalonych żołnierzy i byłych członków sił specjalnych FOXHOUND. Ich żądania…
Konami widząc, że pierwsza część gry na NES-a sprzedała się lepiej niż japoński oryginał, (ponad milion egzemplarzy) postanowiło wydać sequel. Hideo Kojma nie został zaproszony do tworzenia kontynuacji, a nawet nie był świadomy, że takowy powstaje, przez co gra nie…